Gerade wenn man häufig genutzte Standardfunktionen des .NET-Frameworks 2.0 inkl. Winforms benutzt und sauber programmiert, ist das oft gar nicht mal so schwer (zumindest bei neuen Projekten wo man auf die Kompatibiltät achtet).
Wenn man natürlich einfach drauflosprogrammiert (oder ein vorhandenes Projekt hat), im schlimmsten Fall lauter Win32-API-Calls hat, Pfade mit + "\\Ordner" zusammenbaut, viele Framework 3.5-Features nutzt, usw... dann kann man die Anwendung schon fast neu schreiben :D ;)
Bezüglich GUI: Kommt drauf an welchen Weg man befolgt. Wobei mir Glade grade nichts sagt, und es taucht auch nicht bei
http://mono-project.com/Gui_Toolkits auf. Ich persönlich würde ganz normal Winforms nehmen; zumindest wenn die Linux-/Mac-Unterstützung eher Nebensächlich ist. Da hat man zumindest Erfahrung, kennt Einschränkungen/Nachteile und Vorteile, es fühlt sich zumindest unter Windows nativ an, es gibt eine gute Doku und eine umfangreiche Community, man benötigt keine Zusatzbibliotheken, usw... steht ja auch einiges auf der genannten Seite.
Klar unter Linux/Mac gibt's eventuell einige Unschönheiten (oder es fühlt sich nicht nativ an) aber die Gefahr hat man bei den anderen Frameworks (teilweise) auch. Wenn Mac/Linux nicht nur nebensächlich unterstützt werden sollen oder gar Windows eher nebensächlich ist, sollte man jedoch ggf. besser zu einem anderen Framework greifen (wobei von den dort gelisteten IMO ohnehin nur Winforms, Gtk, Qt und wx in Frage kommen; der Rest ist ja sehr plattformspezifisch und der auf der Seite unten genannte Ansatz ist ja ein Riesenaufwand).
