Was hat jetzt das eine mit dem anderen zu tun?
Du sollst nicht überall einen Bootstrapper installieren oder sogar Unity, du sollst es an einer Zentralen stelle machen und den DI/IOC per Interface verteilen.
I.A. hat man eine grundsätzliche Bibliothek ( z.b. Infrastructure.Interface.dll ) wo alle überall benötigten Interface drin stecken.
Die kann jeder benutzen ohne einen Verweis auf die echte Implementierung zu haben.
Hier kannst Du dann auch z.b.
CommonServiceLocator unterbringen.
Und damit lässt sich einfach sehr einfach eine kopplungsfreie Implementation erreichen.